NTPはネットワーク上の基準時刻にコンピュータの時計を合わせるプロトコルです。ログの前後関係や認証処理の時刻を揃えるためにも重要です。
FTPはファイル転送、POPはメールの取出し、SMTPはメール転送です。通信の対象が時刻情報なのでNTPを選びます。