コンピュータを使うビジネスの仕組みでも、ソフトウェアとハードウェアが協働して具体的に実現される技術的な発明であれば、特許による保護の対象となり得ます。ビジネス関連発明の問題です。
単なる商売のアイデアや取決めを思いついただけで特許になるわけではありません。発明としての要件に加え、新規性・進歩性などの審査を満たす必要があり、著作権で事業の仕組みそのものを独占する制度でもありません。